칸 엘 칼릴리 시장과 가까운 알 아즈하르 모스크는 969년 파티마 왕조 시대에 건립되었다. 파티마 왕조는 시아파를 따르고 있었고 988년 세워진 마드라사대학에서는 법과 함께 시이파의 교리에 대해서도 가르쳤다. 이후 아유브 Ayyub 왕조가 들어서면서 시이파를 이단으로 단정짓고 모스크를 폐쇄시켰다가 맘루크 왕조시대에 다시 열여 과감한 재건축과 증축을 통해 지금과 같은 모습을 하게 되었다. 현재 모스크와 대학은 분리되었지만 알 아츠하르의 마드사 대학은 세계에서 가장 오래된 대학으로 인정받고 있다. 마드라사 대학은 9개의 학부에 85,000이 넘는 학생들이 있으며 대학 도서관에는 60,000부의 책과 15,000부의 서류들을 소장하고 있다.